Avec l’aide du réseau CRI, deux PME ont uni leurs forces, en Espagne et en Italie, pour mettre à la disposition d’entreprises biotechnologiques la puissance des supercalculateurs, en recourant à l’option plus économique de l’algorithmique parallèle.

Sans la formidable puissance de calcul dont nous disposons, la cartographie des 3 milliards de paires de base de l’ADN qui composent le génome humain n’aurait pas été possible. Et même, aucun institut de recherche ni aucun pays n’aurait pu y parvenir seul, et les partenaires du projet Génome humain étaient basés en Europe, aux États-Unis, au Japon, en Chine et ailleurs.

À présent, le décodage du “livre de la vie” est en cours et les scientifiques se penchent sur des sections du génome pour tenter de comprendre le fonctionnement de divers brins d’ADN et de certaines protéines. Toutefois, les données sont dispersées sur plus de 20 gigantesques banques de données dans le monde, ce qui nécessite une technologie permettant de les interroger efficacement et une énorme puissance de calcul. Généralement, seuls les plus grands laboratoires et ou les grosses sociétés disposent de ce genre de capacité.

Deux petites entreprises ont formé une alliance – grâce à la médiation du CRI ALPS(1) à Turin et du CRI Pays Basque(2) à Bilbao – pour mettre une puissance équivalente à celle des “supercalculateurs” à la disposition des chercheurs en biotechnologies qui étudient ces blocs de construction de la vie. 

.La société italienne Aethia développe une méthode de calcul parallèle qui permet de relier plusieurs ordinateurs normaux afin de produire des niveaux combinés de puissance qui rivalisent avec ceux des supercalculateurs. NorayBio, en Espagne, met au point de nouveaux outils bio-informatiques pour l’acquisition, l’analyse et la gestion des informations générées par les biosciences.

BLAST
“L’expertise des deux entreprises est complémentaire”, commente Gianpaolo Perego, d’Aethia. “Ensemble, nous pouvons construire des solutions capables de traiter l’énorme quantité des données qui interviennent aujourd’hui dans ce genre de recherches.”

Aethia a développé une version de l’outil de recherche BLAST (Basic Local Alignment Search Tool), appelée PowerBLAST, qui divise les requêtes individuelles en sous-requêtes, réduisant ainsi le temps de calcul pour chaque recherche.
Marta Acilu de NorayBio explique: “L’idée était que nous pourrions appliquer cette technologie de calcul parallèle dans nos produits mis au points pour des ordinateurs normaux, et peut-être créer de nouvelles applications qui n’auraient pas été possibles autrement.”

Les PME ont signé un accord de coopération qui prévoit un transfert réciproque des technologies appartenant aux deux entreprises. Elles coopéreront aussi pour commercialiser mutuellement leurs produits et participer conjointement à des projets financés par l’UE.

(1) http://www.to.camcom.it/alps_irc
(2) http://www.spri.es/