D'après une étude de l'Institut de la recherche économique de la Rhénanie du Nord-Westphalie (RWI) à Essen, les exemptions de taxe sur le biodiesel doivent être supprimées. Elle ne peut être justifiée ni par la création d'emplois, ni par le bilan écologique ou la diminution des émissions. L'obligation de mélange avec du diesel classique doit aussi être évaluée d'un oeil critique. Il serait préférable d'augmenter la recherche sur les combustibles issus de la biomasse pour qu'ils puissent exister sur le marché sans mesure spéciale et de taxer de plus en plus le biodiesel.

En Allemagne, les huiles minérales, de même que le biodiesel et le bioéthanol, ne sont pas soumis à la taxe sur les combustibles issus de la biomasse, ce qui contribue à se rapprocher des objectifs de la directive de l'UE 2003/30/EC, qui prévoit une proportion de combustibles issus de la biomasse de 2% en 2005 et de 5,75% d'ici 2010 dans les pays de l'Union Européenne. L'exonération de taxes sur le biodiesel représentait déjà en 2004 un manque à gagner d'environ 500 millions d'euros en Allemagne, de loin le plus grand producteur de biodiesel dans l'UE.

L'exonération des taxes est habituellement justifiée par les effets sur l'environnement ou par la création d'emplois dans l'agriculture. Cependant, du point de vue économique, cette subvention perturbe le changement structurel nécessaire dans le secteur agricole. De plus, si on atteignait le quota de biodiesel de 5,75%, le développement des cultures de colza engendrerait une concurrence pour les terres cultivables, ce qui pourrait conduire à des prix plus élevés pour les produits alimentaires agricoles.

En outre, en considérant tous les effets environnementaux, il apparaît que l'exonération des taxes sur les biodiesel n'est pas justifiée. En effet, la production des gaz à effet de serre n'est pas réduite de 100% par rapport au diesel fossile, mais seulement de 41 à 78%, ce qui est dû à la faible teneur énergétique du biodiesel et au besoin d'énergie pour le traitement du colza. En outre, le biodiesel ne représente pas une stratégie efficace économiquement pour la prévention des émissions de CO2. Les frais qui y sont liés, aux alentours de 140 à 300 euros la tonne, se trouvent loin des 30 euros par tonne pour l'acquisition des certificats de CO2.

Le RWI déconseille toutefois de remplacer l'exemption d'impôts par un devoir de mélange avec du diesel classique, comme prévu dans le contrat de coalition, car l'industrie de l'huile minérale reporterait probablement les frais sur les prix du diesel.